อีวานเกเลียน ตลอดเรื่องอัดแน่ไปด้วยการอ้างถึงหลักการต่างๆ ทั้งทางชีววิทยา การทหาร ศาสนา และจิตวิทยา ซึ่งเป็นการเดินตามแนวทางของการ์ตูนแอนิเมชันรุ่นพี่อีกหลายเรื่อง ตัวอย่างเช่น เรือรบอวกาศยามาโตะ (ญี่ปุ่น: 宇宙戦艦ヤマト โรมาจิ: Uchū Senkan Yamato) ฮิเดอากิ อันโน นักเขียนของเรื่อง ได้แรงบันดาลใจหลายอย่างจากซิกมุนด์ ฟรอยด์ (Sigmund Freud) นักจิตวิทยาผู้ยิ่งใหญ่ชาวออสเตรีย ทั้งจากประโยคที่ฟรอยด์เคยพูด ทฤษฎีจิตวิทยาเชิงวิเคราะห์ของฟรอยด์ เช่นเดียวกับ หลักการทางศาสนาและชีววิทยาที่อันโนะมักนำมาใช้เพื่อสื่อความหมายต่างๆ ในการ์ตูนของเขา ด้วยเหตุผลข้างนี้ ทำให้อันโนะมักถูกวิจารณ์ว่าเป็นพวกชอบขโมยความคิด หรือก็แค่งานที่มาจากความคิดของทีมงานเท่านั้น

เทววิทยา

สัญลักษณ์เชิงศาสนาที่ถูกใช้ใน อีวานเกเลียน ส่วนใหญ่นั้น ได้แรงบันดาลใจมาจากจูเดโอ-คริสเตียน หรือความเชื่อในศาสนาคริสต์ที่มารากฐานมาจากศาสนายิว สัญลักษณ์ศาสนาดังกล่าวถูกนำมาจากหลายศาสนา ได้แก่ ศาสนายิว ศาสนาคริสต์ นอซทิสซึม (ลัทธิเหตุผล) และ กับบะลาห์ (Kabbalah: ศาสตร์เร้นลับของชาวยิว)

ทสึรุมะคิ คะสุยะ (ญี่ปุ่น: 鶴巻 和哉 โรมาจิ: Tsurumaki Kazuya) ผู้ช่วยผู้กำกับ กล่าวว่า ในตอนแรก การ์ตูนเรื่องนี้ใช้สัญลักษณ์ทางศาสนาคริสต์แค่เพื่อให้แตกต่างจากการ์ตูนหุ่นยนต์สู้กันเรื่องอื่นๆ และไม่มีความหมายอะไรมากกว่านั้น แต่การใช้สัญลักษณ์นี้โดยผู้ที่ไม่รู้ความหมายก็กลับการเป็นจุดอ่อนได้เหมือนกัน

สัญลักษณ์ทางศาสนาใน อีวานเกเลียน สามารถตีความเบื้องต้นอย่างง่ายๆ ดังนี้

• อาดัม และ อีฟ (เอวา) บอกถึงมนุษย์คู่แรกของโลก ตามพระธรรมปฐมกาล (Book of Genesis) ในคัมภีร์ของศาสนายิว และศาสนาคริสต์ โดยอีฟ เกิดมาจากซี่โครงของอาดัม เช่นเดียวกับในการ์ตูน ที่หุ่นยนต์อีวา (Eva) ทั้งหลาย มีต้นกำเนิดมาจากเทวทูต (Angel) ตนแรก คือ อดัม นั่นเอง

• ไม้กางเขน เห็นได้บ่อย โดยเป็นรูปร่างของลำแสงระเบิดโดยเทวทูต (Angel) เหมือนลำแสงจากสรวงสวรรค์

• เทวทูต (Angel) อาจจะหมายถึงเทวดาตามคติความเชื่อของศาสนาคริสต์ ตามพันธสัญญาเดิม รวมถึง ทูตสวรรค์ หรือผู้นำสารจากพระเจ้า ตามพันธสัญญาใหม่